בד בבד עם תכניות שנרקמו לאכלוס ופיתוח אזור בקעת הירדן, החלו התנועות המיישבות בארגון חבורות וגרעיני מתיישבים שיהוו את הבסיס למרכיב החשוב ביותר באכלוס חבל ארץ והוא הגורם האנושי. קהילות הישובים מגוונות בהרכבן ובדרך התנהלותם; שלושה-עשר מושבי עובדים, שני מושבים שיתופיים, שני קיבוצים וארבעה ישובים קהילתיים. אלה, משתייכים למגוון תנועות מיישבות; תנועת המושבים, האיחוד החקלאי, משקי חירות-בית"ר, תק"מ, הפועל המזרחי, העובד הציוני ותנועת אמנה. בהליך הקמת הישובים בבקעה ניתן להבחין בשלושה שלבים עיקריים המאפיינים פרקי זמן מוגדרים.
שלב ההתיישבות הראשון החל משנת תשכ"ב 1968 ועד תום שנת תשכ"ג 1969. במהלך שנים אלה, הוקמו ארבעה ישובים כהיאחזויות נח"ל אשר שולבו במשימות צבאיות לצד הכשרת שטחים חקלאיים ועיבודם. בשנת 1968 – הוקמו – נח"ל מחולה, ונח"ל ארגמן. במהלך שנת 1969, הוקמו שתי היאחזויות נח"ל נוספות, האחת, מדרום לוואדי פארעה, היא נח"ל משואה, השנייה-במרכזו של עמק פצאל – נח"ל גלגל. יש לזכור, כי בשנים אלו היה אזור בקעת הירדן, מוקד לפעילות וחדירת חוליות מחבלים שחצו את נהר הירדן במטרה לפגע בישראל. היאחזויות אלה, ובראשם היאחזות מחולה, היו לחלוצות ההתיישבות בבקעת הירדן.
שלב ההתיישבות השני – בין השנים 1970 ועד 1974. בשנים אלה עיקר הדגש הושם על בניית מערך הישובים במורדות המזרחיים של הרי השומרון ובאזור זה הוקמו 4 ישובים. לאורך כביש הבקעה הוקמו שני ישובים נוספים, נח"ל נערן-ייט"ב ומושב פצאל.
שלב ההתיישבות השלישי – בין השנים 1975 ואילך, עסק בעיבוי ציר ההתיישבות לאורך כביש הבקעה. אז הוקמו הישובים;תומר, נתיב הגדוד, יפית, קיבוץ נערן ומושב נעמה, וכמו כן מושב רועי בבוקע הצפוני. כמו כן, הוקמו 2 היאחזויות נח"ל חדשות, נח"ל שלח ונח"ל בתרונות-ברוש. בשנות השמונים הוקמו היאחזויות הנחל – יבוק-חמדת, משכיות ורותם בהמשכו של כביש אלון לכיוון צפון.